公元1851年，由于太平天国运动的兴起，一时之间整个清朝都陷入了战乱之中，虽然太平天国鼎盛时期其只占据3%的地盘，可是其影响力却贯穿当时的清朝。

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在清朝为了太平天国运动焦头烂额之时，此时西北也不太平，自17世纪开始，由于伊斯兰教传入中国，导致西北形成了回民特有的“门宦”制度，导致西北叛乱不止，此时再加上太平天国运动让整个西北的形势愈发扑朔迷离。

为了肃清西北叛乱势力，清朝派遣大量的八旗悍将前往西北，可是派了一拨又一拨却始终无法平定西北叛乱。

无奈之下，清朝只有派遣当时“四大臣”之一的左宗棠前往西北平定叛乱。

和其他几个官员不同的是，左宗棠采取的是“抚剿并用”的政策，

前往西北之后，他迅速派遣兵力平定了灵州的马化龙，马化龙的失败让其他地方势力意识到了左宗棠的厉害，此时灵州的马占鳌知道再和清朝对抗下去没有好果子吃，于是他立即掉头动向投靠了左宗棠。

而这就是西北马家军的始祖，后来马占鳌麾下幕僚和心腹大将就是甘肃马家军和青海马家军的前身。

由此，西北的叛乱逐渐趋于平定，左宗棠的政策是有效的，在这之后西北再也没有发生过大规模的叛乱，不过其后果也是非常恶劣。

在这之后西北却也形成了一个“半独立”的状态，中央系的手再也无法伸进西北，民国混战时期，多少势力都想伸进西北，可是他们最终都没有成功。

不过西北马家军却也很聪明，他们虽然是半独立状态，可是他们却从始至终都承认中央政府，那么是什么原因让本来是叛军出身的马家军不敢太过放肆呢？

首先是没有实力，这一点马占鳌恐怕是深有体会，当年他们趁着太平天国运动的时候在西北发动了叛乱，可是那时候他们也是浑水摸鱼，根本没有长远打算。

事实上，马占鳌确实比马化龙聪明，当马化龙被左宗棠击败之后，为了震慑叛军，他直接把马化龙父子凌迟处死。

此举也确实让马占鳌认识到了中央力量的强大，后来在谋士的劝说下，马占鳌决定投靠清朝，在太平天国运动时期，天下大乱的时候马家军尚且不能成功，更不用说之后了。

所以马占鳌清楚知道这一点，而之后的马家军也是如此，虽然西北马家军的骑兵闻名天下，可是如果中央系真的要彻底肃清马家军的话，那么他们肯定吃不了兜着走。

因此，西北马家军虽然始终处于半独立状态，可是他们并不敢彻底独立或者说谋反。

对于马家军来说，他们的想法也很简单，只要没有人染指他们的西北，那么中原爱咋闹咋闹和他们无关，和当时大部分军阀的想法都差不多。

其次，对于马家军来说，他们不敢谋反也需要中央的力量，在左宗棠进入西北之前，西北宗教势力强大，教权的势力甚至大于官府，而且更主要的是这些教权是世袭的。

左宗棠进入西北之后，为了打压教权，他招揽当地势力成为清朝在西北地区的代言人。

其中宗教观念不强，军事能力突出的马占鳌就是左宗棠的首选，而马占鳌当时也正有投靠清朝的意思。

于是，本来教权势力强大的西北被左宗棠硬生生插入了一支依附清朝的政治力量。

马占鳌依靠清朝的力量将西北的宗教势力进行了多番打压，也成功让马家军在西北站稳。

然而，一旦马家军不再依靠中央政府，那么西北的宗教势力也随时会反扑。

所以，对于西北马家军来说，中央政府是相爱相杀的，一方面他们不希望清朝政府或者北洋政府以及民国政府插手西北事务，可是另一方面他们又要依靠这些人的力量压制西北当地的宗教势力。

所以他们控制西北近百年，让西北处于近乎半独立的状态，可是却始终不敢谋反或者独立，一旦有这想法，那么马家军才叫真的万劫不复了。

所以当年西北在抗战时期没有出现像东北、内蒙一样的分裂势力，还得归功于左宗棠当年在西北的布局。